Mange våtmarkstyper er truet.
Våtmarkene omfatter mange av de mest truede naturtypene i landet, og hele 360 arter på rødlista lever i våtmarksområder. Noen av de viktigste truslene mot våtmarkene er påvirkning fra vannstandsregulering, oppdyrking, nedbygging, drenering, skogplanting, forurensning, forsuring, utfylling, forsøpling og spredning av fremmede organismer. Våtmarkene utsettes dessuten for oppstykking i forbindelse med kraftutbygging, vegbygging og utbygging av reiselivsanlegg. Bygging av anleggsveier medfører ofte drenering av myrer eller demningseffekter i våtmark slik at vannet blir stillestående og oksygenfattig. Dette kan føre til at artene som lever der, ikke lenger kan overleve. Mange myrtyper er derfor sterkt redusert, og i sørlige deler av landet er det svært lite urørt myr igjen.
