Den største påvirkningen på norske vassdrag de siste 100 år har vært knyttet til vassdragsreguleringer, som har medført store fysiske inngrep, redusert vannføring i regulerte elver, og oppdemming av eksisterende eller kunstige anlagte innsjøer. Sur nedbør har også hatt dramatiske konsekvenser for norske vassdrag, særlig i Sør-Norge. Tusenvis av fiskebestander har gått tapt, og enkelte arter er helt utryddet fra en del vassdrag. Bare i Tovdalsvassdraget har mer enn 130 dyre- og plantearter forsvunnet på grunn av forsuring. Artsmangfoldet av planter er vist å ha blitt redusert med 50 prosent i sørnorske vassdrag som følge av forsuring, og hele organismegrupper som snegler og døgnfluer i rennende vann forsvant fullstendig i de mest forurensede vassdragene på Sørlandet fram mot 1970. Det er også en rekke andre eksempler på forurensing som påvirker biologisk mangfold i ferskvann negativt, som utslipp av nitrogen og fosfor.
Fremmede arter har også hatt dramatiske konsekvenser for det biologiske mangfoldet knyttet til vassdrag. I ferskvann er det minst 25 introduserte arter i Norge. Dette inkluderer arter som har forekommet i det enkelte vassdrag, men som de siste tiåra har blitt spredd til andre vassdrag der de har hatt negative konsekvenser. Eksempler på introduserte problemarter til vassdrag er pungreke (Mysis relicta), ørekyte (Phoxinus phoxinus), krepsepest (Aphanomyces astaci) og lakseparasitt (Gyrodactylus salaris). Dessuten har det vært satt ut en rekke fiskearter i vann og vassdrag hvor de ikke hører hjemme, også arter som ikke hører hjemme i Norge. Dette har særlig vært gjort i kultiveringssammenheng. Nye arter har også kommet til vann og vassdrag gjennom meitefiske, vassdragsreguleringer og import av levende fisk. Rømming av oppdrettsfisk er også et problem, da rømt fisk konkurrerer med stedegne fiskebestander om ressurser eller hybridiserer med lokale stammer. På sikt kan rømt oppdrettsfisk fortrenge de lokalt genetisk tilpassede stammene. Naturtilstanden i vassdragene påvirkes også av en rekke andre faktorer, som opprenskning i elveløpet, masseuttak, ufylling, forbygging, forurensning, kanalisering og senking, veibygging langs vassdrag og fjerning av kantvegetasjon.
Fremmede arter har også hatt dramatiske konsekvenser for det biologiske mangfoldet knyttet til vassdrag. I ferskvann er det minst 25 introduserte arter i Norge. Dette inkluderer arter som har forekommet i det enkelte vassdrag, men som de siste tiåra har blitt spredd til andre vassdrag der de har hatt negative konsekvenser. Eksempler på introduserte problemarter til vassdrag er pungreke (Mysis relicta), ørekyte (Phoxinus phoxinus), krepsepest (Aphanomyces astaci) og lakseparasitt (Gyrodactylus salaris). Dessuten har det vært satt ut en rekke fiskearter i vann og vassdrag hvor de ikke hører hjemme, også arter som ikke hører hjemme i Norge. Dette har særlig vært gjort i kultiveringssammenheng. Nye arter har også kommet til vann og vassdrag gjennom meitefiske, vassdragsreguleringer og import av levende fisk. Rømming av oppdrettsfisk er også et problem, da rømt fisk konkurrerer med stedegne fiskebestander om ressurser eller hybridiserer med lokale stammer. På sikt kan rømt oppdrettsfisk fortrenge de lokalt genetisk tilpassede stammene. Naturtilstanden i vassdragene påvirkes også av en rekke andre faktorer, som opprenskning i elveløpet, masseuttak, ufylling, forbygging, forurensning, kanalisering og senking, veibygging langs vassdrag og fjerning av kantvegetasjon.
